所有する車を購入するさい住所を実家のままアパートの駐車場で車庫証明を取得しました。よって使用者住所は実家、使用の本拠の位置はアパートです。車を買替えするさい今の車は問題なく廃車、売却出来ますか？

車庫関係は売却する時には関係ないんで実家の住所の印鑑証明と実印があれば問題無く売却できますよ。現住所(印鑑証明の住所)が実家から移っている場合は住民票、除票などの添付が必要です。ちなみに使用者ではなく所有者の書類が必要です。使用者の書類は何も要りません。