昨年12月に軽自動車を買い換えたのですが、古いほうは廃車にしましたが、今回の自動車税が廃車した車と、新しく購入した車の2台分きました。2台分納税しなければいけないのでしょうか？

ナンバーを役所に返還しましたか？廃車証明とナンバープレートを返還していないと思いますよ。自動車税は先払いだから１台分だけでいいですけど、廃車の手続きを確認したほうがいいですよ。