車屋です。皆さんのおっしゃる通り、現在では、構造変更申請(車体番号にハイフォンが 入らない、型式指定番号と類別区分番号が車検証上に記載されない)又は、改造・出力変更(車検証の型式の末尾に「改」の文字が入る)はかなり申請しやすく なりました。ご質問の最後の部分ですが、新しい車として登録する方法として、新しい車体番号を取る方法があります。これは「職権打刻」といって、よく並行 輸入車などにある 神[41]神~~~~~ などです。これを日本車(国産車)で申請を行います。神は神戸での通関証明の意味です。日本車でもごくごくま れに有るのが、事故を起こして、車体番号の打刻位置まで損傷があり(通常はカウルトップ下にありますよね・・ワイパーの下あたり)車体番号の確認が取れな い場合はこのような方法で登録し直します。この方法で新規登録が良いかと思います。