新しい車を買ったので、車庫証明を取ろうと手続きをしていましたが前の車(３年前廃車にした。抹消登録はしていません)が入っている状態なので車庫証明を出せないと言われました。この場合、どうしたら車庫証明をとることができますか？

抹消登録できない何らかの理由があったのですか？強制的に職権抹消されるのはもう２年 位かかりそうなので、できるものなら今からでも登録抹消するべきですね。解体証明書など物理的に前の車を解体した（もうこの世には存在しない）と言う証明 があれば良いのですが.....三年前の解体屋さんに相談するか、車庫二重取りではないのですから、警察に事情を説明するより無いと思います。