車検が切れて3年がたつ車がありますがこのまま車検を取った方がいいのか一度廃車にしてから車検を取ったらいいのかどっちが得なんでしょうか？純正に近いエンジンが手に入ったのでどうかと思ったのですが...

廃車にしたら面倒なだけですよ。でも自動車税は支払っていましたか？廃車にしても車検 を通すにしても自動車税の支払い義務は生きてます。さていったん廃車にすると中古車新規になるので面倒です。ディーラーなど指定工場は持ち込み車検は不要 ですがこの場合は継続検査の方がいいでしょう。